W 1999 roku , w wyniku reformy szkolnictwa, powstało Gimnazjum w Seceminie, a od roku szkolnego 2002/2003 utworzono Zespół Szkół w Seceminie. W dalszym ciągu prowadzone były prace nad modernizacja budynku. W wybudowanym nowym skrzydle szkoły znalazła się stołówka, świetlica, oraz pomieszczenia dydaktyczne. W roku 2000 zakupiono drugi autokar szkolny dzięki wsparciu finansowemu Rady Gminy w Seceminie, a w 2005 roku kolejny autobus szkolny, co znacznie poprawiło warunki dowozu uczniów. Szkoła w Seceminie obecnie Zostały zaspokojone najważniejsze potrzeby socjalne, stworzono bardzo dobre warunki do nauki i rozwoju fizycznego uczniów , a także w zakresie opieki i bezpieczeństwa. W dalszym ciągu prowadzono modernizację szkoły i jej zaplecza. W kolejnych latach rozbudowywano i urządzano Zieloną Salę Sportową. Zagospodarowano kolejne części boiska na których powstały miejsca zabaw, ćwiczeń gimnastycznych , skocznie, boisko do piłki siatkowej. Zakupiono sprzęt sportowy do siłowni dzięki wsparciu finansowemu Gminne Komisji Rozwiązywania Lokalnych Problemów Alkoholowych. Utworzono także salę gimnastyki korekcyjnej wyposażoną w specjalistyczny sprzęt. W ciągu wielu lat placówka sukcesywnie wzbogacana była w nowoczesne pomoce dydaktyczne oraz sprzęt sportowy. Dzięki temu uczniowie mogą rozwijać swoje talenty i zainteresowania, co przekłada się na liczne sukcesy sportowe oraz osiągnięcia w różnego rodzaju konkursach przedmiotowych. Placówka w Seceminie była pierwszą szkoła w gminie, która otrzymała pracownię komputerową, w wyniku realizacji projektu MEN "Pracownie komputerowe dla szkół" z dostępem do Internetu. Po dwóch latach były tu już dwie pracownie informatyczne zorganizowane dla szkoły podstawowej i dla gimnazjum. W 2007 roku Zespół Szkół został wzbogacony w nowoczesną pracownie komputerową w ramach realizowanego projektu współfinansowanego z funduszy Unii Europejskiej. Przy bibliotece szkolnej działa również jedyne w gminie Centrum Informacji Multimedialnej. Równolegle z modernizacją szkoły systematycznie przeprowadzane są prace remontowe . Co roku wymienia się stolarkę (okna, drzwi), dokonuje bieżących napraw oraz wyposaża pracownie w nowy sprzęt szkolny (meble, ławki, krzesła). W bieżącym roku szkolnym wykonano remont dachu na sali gimnastycznej. Bardzo duży wkład w wymienione prace wnieśli rodzice , którzy nie szczędzili czasu i sił, angażując się w działania na rzecz poprawy warunków pracy, nauki i bezpieczeństwa w szkole. Pomagali w cyklinowaniu podłóg, malowaniu stolarki i sal lekcyjnych. Organizowali także imprezy dochodowe, które wzbogacały fundusze Rady Rodziców. Przekazano je m.in. na malowanie elewacji budynku szkoły.